def align(s1,s2):
	"""Prende in ingresso due stringhe.
	   Allinea la seconda sulla prima e 
	   stampa allineamento e numero di match."""

	# la sottostringa di s1 con miglior allineamento
	salign=""
	# il numero di match dell'allineamento ottimale
	maxmatch=0

	# itero sulla prima stringa
	for p in range(len(s1)-len(s2)+1):
		# il numero di match dell'allineamento a partire da p
		currmatch=0
		# itero sulla seconda stringa
		for p2 in range(len(s2)):
			#print s1[p2+p],s2[p2]
			# verifico match
			if s1[p2+p] == s2[p2]:
				currmatch += 1
		# aggiorno se necessario l'allineamento ottimo
		if currmatch > maxmatch:
			# aggiorno numero match
			maxmatch=currmatch
			# aggiorno sottostringa
			salign=s1[p:p+len(s2)]

	print salign
	print s2
	print "Alignment score: " + str(maxmatch)